与旧行政诉讼法相比，新行政诉讼法还规定了当事人在行政案件中，可以一并申请解决相关民事争议，可以申请人民法院对规范性文件一并进行审查。此两种制度并不涉及合法性审查标准的变化，只是为人民法院的审理对象和方式增加了新的内容。
五、关于新制度新规定的适用问题
与旧行政诉讼法相比，新行政诉讼法还规定了当事人在行政案件中，可以一并申请解决相关民事争议，可以申请人民法院对规范性文件一并进行审查。此两种制度并不涉及合法性审查标准的变化，只是为人民法院的审理对象和方式增加了新的内容。因此，原则上只要是在5月1日前已经受理但尚未审结的一审案件，当事人均可依据新行政诉讼法申请一并解决相关民事争议或者申请一并审查规范性文件。根据《适用解释》第十七条、第二十条规定，不论是一并申请解决相关民事争议，还是申请对规范性文件一并进行审查，都应当在第一审开庭审理前提出；有正当理由的，也可以在法庭调查中提出。因此，在5月1日前已经开庭审理或者法庭调查已经结束的，公民、法人或者其他组织请求一并审理新行政诉讼法第六十一条规定的相关民事争议，或者请求人民法院一并审查新行政诉讼法第五十三条规定的规范性文件，人民法院不应支持。
六、关于申请再审问题
1.申请再审期限的衔接
新旧行政诉讼法对当事人不服生效裁判向人民法院申请再审的期限规定是不同的。《执行解释》第七十三条第一款规定“当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后二年内提出”。《适用解释》第二十四条规定：“当事人向上一级人民法院申请再审，应当在判决、裁定或者调解书发生法律效力后六个月内提出。”当事人对5月1日以前发生法律效力的裁判申请再审的期限，应当按照旧行政诉讼法和《执行解释》第七十三条规定的二年申请再审期限执行。当事人如果在5月1日后申请再审，则应当执行六个月的期限。即二年的申请再审期限在2015年10月31日尚未届满的，截止至2015年10月31日。如在5月1日至10月30日期间届满二年的，则按届满时日期计算。
当然，5月1日前发生法律效力的判决、裁定或者调解书具有第九十一条第二项、第七项、第八项规定情形以及第三项规定的伪造证据情形的，当事人可以自知道或者应当知道上述情形之日起六个月内向上一级人民法院申请再审。
2.超过法定期限的再审申请处理
5月1日后，当事人对2013年5月1日前发生法律效力的判决、裁定或者调解书申请再审的，人民法院一般应视为申诉信访，一般不作为再审申请立案。当然，当事人对超过法定申请期限的生效裁判不能申请再审，并不意味着人民法院不可以主动发现违法裁判。在特殊和个别情况下，作出生效裁判法院的院长及上级人民法院，仍可根据新行政诉讼法第九十二条的规定，启动再审或者提审程序。
3.申请再审的法院
旧行政诉讼法第六十二条规定：“当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为确有错误的，可以向原审人民法院或者上一级人民法院提出申诉，但判决、裁定不停止执行。”新行政诉讼法第九十条规定：“当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为确有错误的，可以向上一级人民法院申请再审，但判决、裁定不停止执行。”这就将受理再审申请的法院从原审法院和上一级法院，修改为上一级人民法院。因此， 5月1日之后作出的生效裁判，只能向上一级法院申请再审。
4.申请检察监督
随着再审制度改革和再审路线图的确立，行政诉讼已经建立了具有中国特色的“有限再审”和“一次再审”制度。上一级人民法院依据新行政诉讼法第九十一条规定作出再审裁判后，当事人仍然不服的，不得再向人民法院申请再审，可以通过检察监督方式寻求救济。《适用解释》第二十五条规定，有下列情形之一的，当事人可以向人民检察院申请抗诉或者检察建议：（一）人民法院驳回再审申请的；（二）人民法院逾期未对再审申请作出裁定的；（三）再审判决、裁定有明显错误的。该条规定既为当事人提供了救济渠道，也可以较好地解决少数当事人缠讼缠访现象。
七、关于原有司法解释的效力问题
近年来，最高人民法院颁布了一系列行政诉讼方面的司法解释。这些司法解释的内容，部分被新行政诉讼法吸收，部分被《适用解释》所吸收。新行政诉讼法和《适用解释》5月1日实施后，最高人民法院以前发布的司法解释与新行政诉讼法及《适用解释》规定不一致的，不再适用；最高人民法院以前发布的司法解释与新行政诉讼法和《适用解释》规定不冲突的，仍可以继续适用。同时，虽然行政诉讼与民事诉讼、国家赔偿有所不同，但在新旧法律的衔接问题上，同样存在共性。因此，在新旧行政诉讼法的衔接问题上，《最高人民法院关于修改后的民事诉讼法施行时未结案件适用法律若干问题的规定》和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国国家赔偿法〉若干问题的解释（一）》等司法解释的规定，同样具有一定的参照借鉴价值。
